A CNC szerszámgépek programozásának három módja van: kézi programozás, automatikus programozás és megmunkáló központ CAD/CAM.
Programozás kézzel
A kézi alkatrészrajzelemzés, a folyamatfeldolgozás, a numerikus számítás, a programlista írása és a programbevitel és ellenőrzés manuálisan történik. Alkalmas pontmegmunkáláshoz vagy kevésbé bonyolult geometriájú alkatrészekhez, de nagyon időigényes és hibás az összetett alkatrészek összeállítása során.
Automatikus programozás
A számítógép vagy programozógép használata az alkatrészprogramok elkészítéséhez nagyon kényelmes összetett alkatrészek esetén.
CAD/CAM
A CAD/CAM szoftver a modellezés és a képek automatikus programozásának megvalósítására szolgál. A legjellemzőbb szoftver a Master CAM, amely képes a 2-es, 3-as, 4-es és 5-ös marás, esztergálás, huzalos szikraforgácsolás programozását elvégezni, bár ennek a szoftvernek egy funkciója van, könnyen megtanulható és olcsó.